De grootste kans op succes bij een stamceltransplantatie ontstaat wanneer het weefseltype van donor en patiënt zoveel mogelijk overeenkomt. Uit de stamcellen van de donor ontstaan namelijk de witte bloedcellen van het afweersysteem. Als zij het lichaam van de patiënt als vreemd beschouwen en gaan aanvallen, ontstaan ernstige en zelfs dodelijke complicaties. In vakjargon heet dat ‘graft versus host’ ziekte (letterlijk: transplantaat tegen gastheer).
Dit probleem doet zich niet voor wanneer men gebruik maakt van de eigen stamcellen van de patiënt (autologe stamcellen). Deze benadering is echter niet altijd mogelijk en biedt ook niet bij elke patiënt de optimale kans op genezing. Vaak is transplantatie met stamcellen van een donor (allogene stamcellen) noodzakelijk. Dan moet dus gezocht worden naar een donor die zo goed mogelijk bij de patiënt past. Het zoeken van een donor met passend weefseltype noemt men matching. Alleen als de match acceptabel is, kan de transplantatie doorgaan.
