Bloedstamcellen kunnen op twee manieren worden afgenomen: uit het beenmerg of uit het bloed. Een beenmergdonatie vindt plaats onder algehele narcose. De arts haalt dan met een dikke naald wat beenmerg uit het bekken. Bij het geven van stamcellen uit het bloed worden met geavanceerde apparatuur (aferese) stamcellen uit het bloed verzameld. Om te zorgen dat zich voldoende stamcellen in het bloed bevinden, krijgt de donor van tevoren een zogeheten groeifactor toegediend.
Beide procedures zijn in principe veilig en donoren ervaren de belasting vrijwel altijd als aanvaardbaar. Welke procedure gekozen wordt, hangt meestal af van de behandelend arts. Soms kan de donor zelf kiezen. De donatie is altijd geheel vrijwillig.